南京医科大学研究生院，是南京医科大学在2003年正式组建，是国家级特色学科建设单位。研究生院始终秉持人才强校理念，兼顾学科特色和社会需求，努力为医学事业培养高层次、高素质的人才。
南京医科大学为了提高研究生教育质量，建立完善研究生导师管理制度，为学生提供了更加完善的课程配套、科研条件、人才培养等方面的保障。同时，研究生院还与国内外知名大学联合组建硕士生联合培养项目，为学生提供了更为广阔的学术交流机会，提高了学生综合素质能力。
研究生院的学科建设和教学水平一直在国内处于领先地位。现有临床医学、基础医学、药学、看护学等4个博士学位授权一级学科；现有11个博士后流动站。在研究生培养方面，学校长期以来注重学生创新能力的培养，充分发挥学生主体性和创造性，为国家和社会培养了高层次、高素质的医学专业人才。
