作为一以是高品质教育为焦点的初中新实验学校，东莞市南开实验学校以一流的教育资源，引领东莞市民办初中教育风向，2019年更跻身全市民办教育十强校之列。
学校以种子教育理念为指导，注重培育学生的综合素质，提高学生的自主学习能力和学习习惯。在课堂教学方面，学校借鉴国际领先教学方式，引入PBL项目制全英文教学等新兴教学方式，使学生在富足自由的学习情形中感知未来职场需求，到达情绪体感与头脑融合的最佳状态。
学校注重身心康健，打造多元化教育。在学校食堂，学校配备专业食物照料，为学生提供营养平衡，口胃优越的餐饮，用行动告诉学生：我们关注你们的康健。此外，学校还引进新型平衡车和声控机械人教学课程，开拓学生的视野。
学校稀奇注重文化秘闻的传承，开办“南开实验文化节”，不仅延续了南开大学百年文化，更是为学校文化建设注入新的活力和源泉，让学生在隧道文化空气中塑造自身价值观。
